Tháng 11 năm Kiến An thứ 13 (Công nguyên năm 208) Tào Tháo thất bại nặng nề ở trận Xích Bích, quân lực tổn thất nặng nề, về cơ bản thế "chân vạc" giữa ba tập đoàn Ngụy, Thục, Ngô đã cơ bản hình thành, địa vị chính trị của Tôn Quyền và Lưu Bị ngày càng được xác lập một cách rõ ràng. Thế lực của Lưu Bị và Tôn Quyền ngày càng mạnh, điều đó hình thành cục diện "Tam quốc" kiềm chế, cân bằng lẫn nhau. Cục diện đó khiến cho tập đoàn thống trị Tào Ngụy nhận định rằng thời cơ đánh xuống phía nam chưa chín muồi mà chủ trương bình định hậu phương, loại bỏ mối nguy hại sau lưng mà trước hết hãy chiếm lấy miền Quan Trung, tiêu diệt hai thế lực cát cứ ở Tây Lương là Mã Siêu, Hàn Toại.[13] Vì vậy, trong hai năm 209 - 210, Tào Tháo "án binh bất động", thực hiện các chính sách vỗ về Tây Lương để làm họ mất cảnh giác, chờ cơ hội tấn công.

Trên danh nghĩa thì Mã Siêu, Hàn Toại đều ủng hộ Hán Hiến Đế và chư hầu Quan Trung đều cống nạp đều đặn cho triều đình, nếu Tào Tháo muốn xuất quân đánh họ thì không danh chính, ngôn thuận vì không có nguyên cớ. Cho nên, Tào Tháo thực hiện kế hoạch "đánh Quắc để diệt Ngu". Mùa xuân tháng 3 năm Kiến An thứ 16 (năm 211 sau Công nguyên), Tào Tháo cử Tư lệ Hiệu uý Chung Do và Chinh tây Hộ quân Hạ Hầu Uyên đem quân đi đánh Trương Lỗ đang trấn thủ ở Đông Xuyên, thảo phạt Hán Trung[14], lấy danh nghĩa đánh Hán Trung, nhưng thực tế là muốn thôn tính đất Quan Trung.

Ý đồ của Tào Tháo là nếu muốn đến Hán Trung thì phải đi qua Quan Trung, đại quân tiến về phía tây trên danh nghĩa là đi đánh Trương Lỗ, nhưng thực chất là gây sức ép với Mã Siêu, Hàn Toại khiến họ nghi ngờ Tào Tháo đánh mình từ đó có thể kích động sự chống đối của chư hầu đến lúc đó triều đình sẽ có lý do chính đáng để xuất quân chinh phạt Tây Lương.[13][15]

Việc Tào Tháo phái cử Chung Do và Hạ Hầu Uyên đem quân đi đánh Hán Trung trong lộ trình có mượn đường đi qua Quan Trung làm các tướng ở Tây Lương lo ngại. Họ nhận thấy ông ta không đánh họ ở chỗ gần mà đánh Trương Lỗ ở xa và nghi ngờ đây là kế "đánh Quắc để diệt Ngu", thế là họ khởi binh chống lại, Mã Siêu và Hàn Toại cầm đầu trong số này.[13][7][16] Tam quốc chí chép: Mã Siêu cùng với Hàn Toại hợp quân, lại gặp được bọn Dương Thu, Lý Kham, Thành Nghi mới cùng câu kết với nhau, tiến quân đến Đồng Quan.[17] Tháng 9 năm 211, Tào Tháo dùng kế ly gián đánh bại liên minh Mã Siêu, Hàn Toại. Tháng 5 năm 212 (Công nguyên), Tào tháo vì lý do trả thù việc Mã Siêu khỏi binh chống lại mình nên đã giết Mã Đằng, đồng thời tru di tam tộc.

Tam Quốc diễn nghĩa hư cấu nội dung của vụ việc này: Tào Tháo từ lâu đã muốn trừ khử Mã Đằng nhưng chưa có cơ hội. Năm 211, theo kế của Tuân Du, Tào Tháo lấy danh nghĩa thiên tử triệu Mã Đằng về triều phong làm Chinh Nam tướng quân để phối hợp cùng với quân Tào đánh Đông Ngô nhưng thực chất là để cô lập và ám hại Mã Đằng. Mã Đằng biết được liền tìm kế chống lại Tào Tháo nhưng bị bại lộ. Ông cùng với hai người con là Mã Hưu, Mã Thiết bị bắt và bị giết, chỉ có người cháu Mã Đại cải trang chạy thoát được. Mã Siêu liên minh với Hàn Toại và các tướng ở Tây Lương dẫn quân đánh vào Hứa Xương để báo thù.

Về số phận của Mã Đằng, sử sách xác nhận rằng Mã Đằng không hề bị giết trong thời gian này, ông chỉ bị giam giữ cùng với gia tộc (trước đó Mã Đằng đã gửi gần toàn bộ gia tộc hơn 200 người của mình ở Nghiệp Thành làm con tin theo yêu cầu của Tào Tháo[7][18]). Đến năm 212, sau khi giành chiến thắng, Tào Tháo về đến Hứa Xương, nhân danh Hán Hiến Đế hạ lệnh giết chết Mã Đằng đồng thời tru di tam tộc, giết hết những người cùng họ ở kinh thành vì lý do Mã Siêu khởi binh làm phản.[19][20] Tam quốc chí cũng ghi nhận việc Mã Đằng ở kinh thành trong thời gian diễn ra trận chiến này và bị giết hại sau đó khi Tào Tháo quy về kinh thành.[17]